Isi Artikel Utama
Abstrak
Pencarian kesamaan DNA berdasarkan single pattern matching dinilai kurang efektif apabila diterapkan untuk mencari banyak pola. Dengan demikian diperlukan aplikasi pencarian kesamaan DNA yang dapat memecahkan pencarian banyak pola dengan algoritma multi pattern matching sehingga dapat menghasilkan kecocokan DNA dengan waktu yang lebih efisien dan efektif. Pada riset ini akan dibangun aplikasi pencarian kesamaan DNA kanker hati menggunakan metode Wu-Manber. Aplikasi pencarian
kesamaan DNA kanker hati ini diharapkan dapat memberikan kemudahan dalam menampilkan tingkat kesamaan dari dua buah sekuen DNA kanker hati. Masukan yang digunakan pada penelitian ini adalah barisan DNA yang di peroleh dari National Center for Biotechnology Information (www.ncbi.nlm.nih.gov)dan memiliki keluaran berupa persentase kesamaan serta eksekusi proses. Dari pengujian yang telah dilakukan, persentase kesamaan yang diperoleh dapat mencapai 85% pada pencarian kesamaan sequence AB073612 dengan sequence AY080393. Semakin besar jumlah pola yang ditemukan dan semakin besar minimum length serta semakin pendek karakter sekuen pola, maka persentase kesamaan akan semakin besar.
Kata Kunci: DNA kanker hati, Java, multi pattern matching, sequence alignment, Wu-Manber.