Main Article Content
Abstract
Populasi ayam hutan merah (Gallus gallus) di habitat alaminya mengalami penurunan yang cukup tajam. Fakta ini disebabkan oleh hilangnya hutan sebagai habitat spesies tersebut. Penelitian ini dilakukan untuk menjelaskan komposisi nukleotida, situs nukleotida spesifik, jarak genetik, dan status filogenetik ayam hutan merah berdasarkan Fragmen D-loop DNA Mitokondria. Sampel darah diambil dari 20 individu ayam hutan merah dari Provinsi Bengkulu dan Sumatera Selatan pada periode Mei hingga November 2022. Isolasi DNA total dilakukan menggunakan Kit Protokol Spin-Column dari Qiagen. Replikasi DNA menggunakan teknik Polymerase Chain Reaction (PCR) dengan primer spesifik. Hasil penelitian kami menunjukkan adanya pasangan basa nukleotida AT (65,76%) yang lebih tinggi dibandingkan GC (34,24%), dan hanya ditemukan satu situs nukleotida spesifik dari panjang sekuen nukleotida 478 bp yang dianalisis. Komposisi nukleotida relatif homogen antar individu, menandakan rendahnya divergensi mitokondria. Rata-rata jarak genetik intraspesies sangat rendah yaitu 0,1%, yang mengindikasikan homogenitas genetik populasi. Pohon filogenetik memperlihatkan satu clade monofiletik yang kuat untuk seluruh sampel G. gallus Sumatra, dengan nilai bootstrap 63 - 87%, serta pemisahan yang jelas dari outgroup. Rendahnya variasi genetik ini diduga terkait dengan isolasi populasi, ukuran populasi efektif kecil, serta tekanan ekologis akibat fragmentasi habitat. Temuan ini menegaskan bahwa populasi ayam hutan merah liar di Bengkulu dan Sumatra Selatan merupakan unit genetik penting yang perlu diprioritaskan dalam upaya konservasi dan pengelolaan plasma nutfah unggas lokal.
Article Details
Copyright (c) 2025 Jarulis; Hery Haryanto; Muhammad Aldiansyah Karisma, Santi Nurul Kamilah
This work is licensed under a Creative Commons Attribution-ShareAlike 4.0 International License.
Authors who publish in this journal agree with the following terms:
- Authors retain copyright and grant the journal right of first publication with the work simultaneously licensed under a Creative Commons Attribution-ShareAlike 4.0 International License that allows others to share the work with an acknowledgement of the work's authorship and initial publication in this journal.
- Authors are able to enter into separate, additional contractual arrangements for the non-exclusive distribution of the journal's published version of the work (e.g., post it to an institutional repository or publish it in a book), with an acknowledgement of its initial publication in this journal.
- Authors are permitted and encouraged to post their work online (e.g., in institutional repositories or on their website) prior to and during the submission process, as it can lead to productive exchanges, as well as earlier and greater citation of published work (See The Effect of Open Access).
- This work is licensed under a Creative Commons Attribution-ShareAlike 4.0 International License.